本发明公开了一种抗羊包虫病感染的基因工程亚单位疫苗,其包含编码基因序列如SEQ ID NO:1所示的重组蛋白。本发明通过对Eg95蛋白进行优化,并以之制备抗羊包虫病感染的基因工程亚单位疫苗,所获疫苗的抗原性、免疫原性和功能与天然蛋白质相似,表达水平较高,免疫原性强,只需要很少量就能提供很好的免疫效果,对羊还没有致病性,同时本发明利用CHO细胞等表达优化后的Eg95蛋白,不仅糖基化水平高,可溶性强,表达量高(能达到2‑3g/L),还可以通过生物反应器大规模无血清悬浮培养制备,大大降低了疫苗生产成本。