本发明提供了一种新型冠状病毒突变株S蛋白及其亚单位疫苗,所述新型冠状病毒突变株S蛋白的S1/S2两个亚基之间的furin裂解位点682‑RRAR‑685替换为柔性的蛋白linker;所述linker为(GGCAGCGCCAGC)或者(GGCGGCGGCAGC)n或(GGCGGCGGCGGCAGC)n或者(GGC)n;或者linker为GSAS或者(GGGS)n或者(GGGGS)n或者(G)n,其中1≤n≤3,且n为整数;所述新型冠状病毒突变株S蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示或者如SEQID NO:4所示。该S蛋白具有作为应对SARS‑CoV‑2突变株的疫苗抗原的巨大潜力。